医院现有临床医技科室56个，拥有1项国家疑难病症诊治能力提升工程项目（心血管疾病），2个国家临床重点专科（过敏反应科、医学检验科），6个重庆市医学重点学科（心血管外科学、骨科学、老年病学、耳鼻咽喉学、医学检验学、呼吸病学），16个重庆市临床重点专科（重症医学科、医学检验科、麻醉科、呼吸与危重症医学科、骨科、老年病科、医学影像科、神经外科、消化内科、神经内科、心血管内科、普通外科、心胸外科、肿瘤科、耳鼻咽喉科、妇产科），1个重庆市医疗特色专科（康复医学科），4个重庆市临床研究中心（心血管外科学、检验医学、耳鼻咽喉学、老年疾病学），6个国家及重庆市重点实验室（国家发改委血管植入物工程实验室、肾脏病透析治疗研究室、临床检验质量控制研究室、结核基因诊断中心实验室、神经变性病实验室、肝胆胰疾病智慧诊疗工程实验室）。医院形成了以心血管内外科、耳鼻咽喉头颈外科、骨科、肝胆胰腺外科、乳腺甲状腺外科、神经内外科、老年病科、医学检验科为主的具有重要影响力的学科群。