医院现有临床医技科室 53 个。有国家神经系统疾病临床医学研究中心重庆分中心、重庆市骨伤骨病医疗中心、重庆市临床检验中心；重庆市甲状腺结节与甲状腺癌专病临床诊疗中心，重庆市肺结节与早期肺癌专病区域临床诊疗中心，重庆市脑胶质瘤精准医学研究中心。拥有国家临床重点专科（过敏反应科）、国家临床重点专科能力建设项目（医学检验科），重庆市医学重点学科 6 个（心血管外科学、骨科学、老年病学、耳鼻咽喉学、医学检验学、呼吸病学），重庆市临床重点专科 16 个（重症医学科、医学检验科、麻醉科、呼吸与危重症医学科、骨科、老年病科、医学影像科、神经外科、消化内科、神经内科、心血管内科、普通外科、心胸外科、肿瘤科、耳鼻咽喉科、妇产科），市级医疗特色专科1个（康复医学科），市级首批公共卫生重点专科（学科）建设项目 1 个（眼科近视防治），市级临床医学研究中心 4 个（心血管外科学、检验医学、耳鼻咽喉疾病、老年疾病），市级重点实验室 2 个（神经变性病重庆市重点实验室、肝胆胰疾病智慧诊疗工程重庆市重点实验室），市级研究所 3 个（重庆市心肺血管疾病医疗研究所、重庆市老年病防治研究所、重庆市老年慢性疾病研究所），市级研究室 2 个（重庆市肾脏病透析治疗研究室、重庆市临床检验质量控制研究室）。