中心实验室（Central Research Laboratories (CRL) of Chongqing General Hospital，Chongqing University）是医院着力为全院临床和科研人员打造的医学基础和转化研究的实验平台，致力于提供分子、细胞、组织等不同研究层次的科研设备和技术上的支撑，为各学科提供相互交流与合作的平台。中心实验室建筑面积约3300㎡，其中独立实验室区域约1500㎡，设有分子生物学、细胞生物学、组织病理学、高通量细胞测序、材料学、流式细胞室和激光共聚焦显微镜室等专业实验室。实验室还配备了独立低温样本室等配套用房约500㎡，能够实现从细胞培养到各项数据分析一站式完成。

实验室区域采用独立暖通及给排水系统，关键实验室如分子生物学实验室、高通量细胞测序室等采用全天24小时恒温恒湿新风系统，细胞培养室区域采用万级恒温恒湿洁净空调系统，确保培养区域全天24小时恒温恒湿以及万级洁净度。细胞培养区分为8个独立细胞培养室，每间均配备细胞培养箱、生物安全柜和倒置显微镜。细胞生物学实验室区域内还设有精密仪器室，配有高内涵成像分析系统、高分辨全自动活细胞分析系统，能够满足对细胞及细胞群体进行高通量3D成像观察及活细胞动态示踪的需求。

实验室将根据科研需求和技术发展不断升级，以提升医院总体科研水平。在管理上，计划构建智能化管理系统，实现24小时开放、24小时无人管理。目标是建设规范、务实、有效、协作共赢的实验室。